博士生赵哲焕的论文被生物信息学顶级期刊Bioinformatics录用
新闻来源:IR实验室       发布时间:2016/7/20 8:45:02

    近日接到通知,博士生赵哲焕的一篇论文(ORIGINAL PAPER)被生物信息学顶级期刊Bioinformatics录用,这也是实验室首篇被该期刊录用的论文。

    论文题目为“Drug Drug Interaction Extraction from Biomedical Literature Using Syntax Convolutional Neural Network”。该论文提出了一种基于深度学习的药物相互作用关系抽取方法。药物相互作用是指两种或两种以上的药物同时应用时所发生的药效变化。不合理的药物相互作用可导致疗效降低或毒性增加,还可能发生一些异常反应,干扰治疗,加重病情。据2009年评估,中国每年约有5000万人住院,其中至少250万人(20%)是因药物不良反应 (ADR)住院,50万人是严重的ADR,每年死亡约19万人,从而增加医药费近40亿元。因此,使用信息抽取技术从海量医学文献自动抽取药物相互作用关系具有重要的研究意义。

    论文提出了一种基于句法词向量的文本表示方法,融合有助于提升实体关系抽取性能的位置信息、词性信息进行扩展。再输入到卷积神经网络中,通过具有多个隐层的机器学习模型来学习更有效的特征,提升实体关系抽取的性能。在国际技术评测DDIExtraction 2013数据集上的结果表明,该方法优于其它现有的方法。

    相比传统的机器学习方法,近年来受到广泛关注的深度学习方法有着更强大的计算表达能力。其主要特点在于通过大量的非线性函数对原始输入数据进行逐层变化,自动学习更高层次的特征来表达数据。其目前在图像和语音领域已取得了重大突破,但在自然语言处理领域的各种应用的性能还有很大的提升空间。因此,本方法研究也为探讨深度学习方法在特定领域,结合领域海量未标注数据和领域资源提升自然语言处理中信息抽取方法的性能,提供有力的实例和经验积累。

    Bioinformatics杂志是生物信息学领域最富盛名及影响力的顶级学术刊物之一,许多该领域利用计算算法研究生物学问题的重要发现的原创性论文均在该期刊发表,具有很高的学术认可度,2015年的影响因子为5.766,五年影响因子7.685。